Python使用defaultdict读取文件各列的措施

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    cols=line.strip().split(“\t”)

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    #d2[cols[0]] = “\t”.join(cols[0:3])

企望本文所述对我们Python程序设计有着协助。

#!/usr/bin/python

#!/usr/bin/python
"""USAGE: python *.py align_SNP_site out_file"""
import sys
#import time
from collections import Counter
#t0=time.clock()
info=open(sys.argv[1])
fast=sys.argv[2]
d_c = {}
d1={}
d2={}
for line in info:
    cols=line.strip().split("\t")
    if cols[0] == "SNP pattern":
        continue
    else:
        d1.setdefault(cols[4],[]).append(cols[1])
        d2.setdefault(cols[7],[]).append(cols[1])
    #d1.setdefault(cols[0],[]).append(cols[5])
    #d2[cols[0]] = "\t".join(cols[0:3])
info.close()
print len(d1)
print len(d2)
my_list=[]
ref_fa = open("some_example.fasta", 'r')
for i in ref_fa.readlines():
    if i.startswith(">"):
        my_list.append(i.rstrip())
ref_fa.close()
print len(my_list)
#sys.exit()
result = open(fast,'w')
for k,v in d1.iteritems():
    cnt1 = Counter(v)
    #print cnt1
    result.write("%s\t" % k)
    for i in sorted(cnt1.items(), key = lambda x: x[1], reverse=True):
        result.write("%s\t%d\t"%(i[0],i[1]))
    result.write("\n")
for k,v in d2.iteritems():
    cnt2 = Counter(v)
    #print cnt2
    result.write("%s\t" % k)
    for i in sorted(cnt2.items(), key = lambda x: x[1], reverse=False):
        result.write("%s\t%d\t"%( i[0],i[1]))
    result.write("\n")
#t1=time.clock()
#print (t1-t0)

        d2.setdefault(cols[7],[]).append(cols[1])

本文实例讲述了Python使用defaultdict读取文件各列的方法。分享给我们供大家仿效,具体如下:

printlen(d1)

    foriinsorted(cnt2.items(), key=lambdax: x[1], reverse=False):

printlen(d2)

#print (t1-t0)

        d1.setdefault(cols[4],[]).append(cols[1])

#t1=time.clock()

fork,vind1.iteritems():

    result.write(“\n”)

info=open(sys.argv[1])

    #print cnt1

fromcollectionsimportCounter

    else:

d_c={}

#sys.exit()

        continue

正文实例讲述了Python使用defaultdict读取文件各列的不二诀要。分享给大家供大家参照他事他说加以考察,具体如下:

foriinref_fa.readlines():

        my_list.append(i.rstrip())

d1={}

 代码如下

        result.write(“%s\t%d\t”%(i[0],i[1]))

fast=sys.argv[2]

    ifcols[0]==”SNP pattern”:

 

    #print cnt2

    foriinsorted(cnt1.items(), key=lambdax: x[1], reverse=True):

        result.write(“%s\t%d\t”%( i[0],i[1]))

d2={}

importsys

forlineininfo:

    cnt1=Counter(v)

#t0=time.clock()

info.close()

    result.write(“%s\t”%k)

    #d1.setdefault(cols[0],[]).append(cols[5])

    ifi.startswith(“>”):

    result.write(“%s\t”%k)

    result.write(“\n”)

ref_fa.close()

    cnt2=Counter(v)

fork,vind2.iteritems():

 

result=open(fast,’w’)

#import time

“””USAGE: python *.py align_SNP_site out_file”””

printlen(my_list)

my_list=[]

ref_fa=open(“some_example.fasta”,’r’)

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